Je vais en ville. -- I go into town.

The "en" connotes a more general location than "à" or "dans".
Another example of the same ilk:

Je suis en classe. -- I am in class.
Je suis dans la classe. -- I am in the classroom.

Je vais au supermarché -- I go to the supermarket.

This is a very specific location you are referring to: hence "à" and not "en". Yet another example:

Je vais venir en voiture. -- I am going to come by car.
Je suis dans la voiture. -- I am in the car.

I hope this helps to elucidate the difference in meaning.

-- Chris (not a native speaker but one who loves infrequently used English words. :)

Bonjour Anastasio, C'est une très bonne question. J'ai fait une recherche de fichiers sur le Web et je n'en a pas trouvé la bonne réponse. Bonne chance,